Tłuszcz w stolcu oznacza niedostateczną ilość żółci uwalnianej przez woreczek żółciowy. Najczęstszym tego powodem u pacjentów GAPS są kamienie w woreczku żółciowym. Kamienie są pozostałościami infekcji lub częściami robaków otoczonych przez żółć: jest to obronna reakcja wątroby na dostające się do przewodów żółciowych organizmy patogeniczne. Kamienie żółciowę są częścią naszego życia. W początkowej fazie są niewielkie i miękkie przez co łatwe do usunięcia przez przewody żółciowe do dwunastnicy za każdym razem, gdy spożywamy tłuszcz. Z dwunastnicy wędrują do jelita grubego i zostają wydalone razem z kałem. Jeżeli człowiek spożywa węglowodany przetworzone a niewiele tłuszczy przez jakiś czas to wątroba nie jest stymulowana do uwalniania żółci do dwunastnicy. Pozostają one w przewodach żółciowych zbyt długo i ulegają zwapnieniu. Kumulując sole wapienne na swojej powierzchni stają się coraz większe, ich powierzchnia robi się coraz twardsza i chropowata, więc nie mogą być łatwo usunięte poprzez przewód żółciowy. W wyniku blokady przewodu żółciowego strumień żółci jest spowolniony i z tego też powodu człowiek nie jest w stanie prawidłowo trawić tłuszczy. Dieta GAPS jest bogata w tłuszcze, co stymuluje produkcję żółci i jej uwalnianie do dwunastnicy z każdym posiłkiem. Może trochę potrwać zanim wątroba zacznie pracować na pełnych obrotach, ale zacznie na pewno. Po wprowadzeniu soków, aktywne substancje zawarte w sokach rozpuszczają sole wapienne zmiękczając kamienie, co umożliwia późniejsze ich wydalenie. Proces ten wymaga czasu, ale u większości pacjentów problem jest rozwiązany w sposób naturalny, bez podejmowania specjalnych działań (szczególnie u dzieci). W przypadku ciężkich przypadków u dorosłych pomocny może być protokół oczyszczający wątrobę z kamieni dr Hulda'y Clark.
Osoby z GAPS z reguły mają kamienie w woreczku żółciowym blokujące przewody żółciowe. Bez prawidłowego przepływu żółci niemożliwe jest trawienie tłuszczy. Przywrócenie przepływu żółci i pozbycie się kamieni wymaga podjęcia trzech działań. Pierwszym jest przygotowywanie soków, szczególnie z jabłek, selera i zielonych roślin. Można do soków dodawać zioła wspomagające pracę wątroby: świeże liście, korzeń i kwiaty mniszka lekarskiego, liści łopianu i trochę imbiru. Drugim jest wykonywanie lewatyw z kawy: proces ten pozwala wątrobie na samooczyszczenie i wyrzucenie toksyn do żółci w tym samym czasie usuwając kamienie. Trzecim jest spożywanie dużych ilości tłuszczy w każdym posiłku: tłuszcz stymuluje przepływ żółci i usuwanie kamieni. Jeżeli początkowo mamy problem z trawieniem tłuszczy to należy wprowadzać je powoli, od małej ilości stopniowo ją zwiększając. Spożywamy zarówno tłuszcze zwierzęce jak także tłoczone na zimno oleje roślinne. W początkowej fazie możemy suplementować żółć wołową dodając ją do każdego posiłku. Na rynku dostępne są też preparaty z ostropestem, mniszkiem lekarskim, liściokwiatem, lukrecją lub innymi ziołami. Ważne aby ukończyć Dietę Wprowadzającą zanim zacznie się stosować suplementy, ważne także, aby znaleźć dobrej jakości, organiczne zioła nie uprawiane w miejscach narażonych na zanieczyszczenia przemysłowe.